Muito antes das exigências legais dos órgãos de proteção ambiental, a São José Agroindustrial já implantava a sua política de preservação e de recuperação da Mata Atlântica. É graças à sua consciência empresarial que a São José tem hoje a maior reserva florestal preservada de Mata Atlântica da Zona da Mata Norte de Pernambuco: o Parque Ecológico São José. 

A área de mata da São José Agroindustrial está em constante ampliação através de programas de reflorestamento. Dentre esses programas destaca-se o projeto Reflorestart e Reflorestart Vai à Escola, que visa a recuperação de matas ciliares, por meio de práticas de voluntariado, mobilizando alunos, colaboradores e sociedade civil, incitando todos a uma atitude ecológica para a vida. Dessa forma, coopera, diretamente, com a proteção e recuperação de nascentes e rios.

Uma equipe de guardas ambientais própria está capacitada para combater ações predatórias contra o Parque Ecológico São José e demais áreas de preservação e reflorestamento.

Objetivando a diminuição do impacto ambiental, a São José Agroindustrial possui um programa de gestão de resíduos, que monitora os resquícios da sua produção da origem ao destino final, obedecendo às legislações vigentes.